Năm 398, Hoàn Huyền ép triều đình phải phong cho mình chức Thứ sử Quảng Châu. Nhiếp chính Tư Mã Đạo Tử bất đắc dĩ phải chấp thuận yêu cầu, giao toàn quyền cai quản hành chính và quân sự cho Hoàn Huyền. Tuy vậy, Hoàn Huyền không vội nhậm chức và tiếp tục phát triển thế lực ở lãnh địa mình. Nhân việc Thứ sử Dự Châu là Sử Dữu Khải bất mãn khởi binh, lấy danh nghĩa thảo phạt Tiêu vương Tư Mã Thượng Chi, Hoàn Huyền cùng Âm Trọng Kham, Thứ sử Giang Châu Vương Du, tôn Vương Cung làm minh chủ, cùng khởi binh.

Tuy nhiên, không lâu sau, Vương Cung bị quân Bắc phủ binh do Lưu Lao Chi đánh bại rồi giết chết. Hoàn Huyền thấy vậy bèn lui binh. Triều đình bèn đưa biểu chiêu an và phong cho Hoàn Huyền làm Thứ sử Giang Châu (nay thuộc Cửu Giang, Giang Tây). Hoàn Huyền, Ân Trọng Kham, Dương Thuyên Kỳ 3 người được triều đình phái đi thảo phạt các phương trấn. Dù các quân phiệt đều có dã tâm riêng của mình, nhưng tạm thời phải liên kết với nhau; Hoàn Huyền xuất thân danh gia vọng tộc, được các quân phiệt tôn làm minh chủ. Khi đó, Hoàn Huyền mới 29 tuổi, trở thành quân phiệt mạnh nhất, phát sinh kiêu ngoại và dã tâm soán đoạt ngôi vị.

Bấy giờ, thế cục Đông Tấn rất hỗn loạn. Trong triều thì cha con Tư Mã Đạo Tử và Tư Mã Nguyên Hiển chuyên quyền. Ngoại trấn có nhóm Hoàn Huyền, Ân Trọng Kham, Dương Thuyên Kỳ, Lưu Lao Chi, Tư Mã Thượng Chi cát cứ, chinh phạt lẫn nhau.

Tháng 12 năm 399, Hoàn Huyền phát binh đánh Giang Lăng, Thứ sử Kinh Châu là Ân Trọng Kham bị giết chết, cùng Thứ sử Ung Châu là Dương Thuyên Kỳ cát cứ một dãy trung du Trường Giang. Năm 400, Tư Mã Đạo Tử bất đắc dĩ phải phong cho Hoàn Huyền làm Đô đốc 8 châu Kinh, Ti, Ung, Tần, Lương, Ích, Ninh, Giang; cai quản binh quyền 8 quận, Hậu tướng quân, Thứ sử 2 châu Kinh Giang, được phong cờ tiết.